Der Angeklagte Huppenkothen begab sich dann am 7.4.1945 (zusammen mit seiner Ehefrau) - dem Transport G. angeschlossen - nach Flossenbürg. Am Sonntag, den 8.4.1945 fand das befohlene Standgericht in Flossenbürg gegen General Oster, Admiral Canaris, Heereschefrichter Dr. Sack, Hauptmann Gehre und Pastor Dietrich Bonhoeffer - wahrscheinlich wurde einzeln in dieser Reihenfolge verhandelt - statt. Eine zeitliche Festlegung ist nur insofern möglich, als das Standgericht nicht erheblich vor Mittag des genannten Tages begonnen haben kann und bis etwa Mitternacht zu Ende geführt worden sein muss. Jedenfalls aber - dies steht eindeutig fest - wurden die sämtlichen fünf genannten Männer am Morgen des Montag, 9.April 1945, etwa zwischen 6 und 7 Uhr hingerichtet.
Gegen die fünf Männer wurde in einem Raum in einem Kommandanturgebäude des KL Flossenbürg verhandelt. Die betreffenden Personen wurden hiezu jeweils aus dem Kommandanturarrest vorgeführt. Huppenkothen fungierte auch in diesem Verfahren als Ankläger; der Angeklagte T. führte den Vorsitz des Gerichts; ein Beisitzer war - ähnlich wie in Sachsenhausen-Oranienburg in dem Standgerichtsverfahren gegen von Dohnanyi - der KL-Kommandant von Flossenbürg, SS-Obersturmbannführer Kögel. Der andere Beisitzer - dem Angeklagten Huppenkothen nach seinen eigenen Angaben bekannt - war vom Schwurgericht nicht zu ermitteln; es ist aber wahrscheinlich, dass das Standgericht doch aus drei Personen bestand. Es ist auch nicht zu widerlegen, dass die sämtlichen fünf Männer jeweils zur Anklage gehört wurden und zum letzten Wort zugelassen wurden, dass das Urteil in geheimer Beratung gefasst, vom Angeklagten T. schriftlich mit Gründen niedergelegt und in Gegenwart der damaligen Angeklagten verkündet wurde. Keiner der damaligen Angeklagten hatte aber einen Verteidiger; ein Protokollführer war nicht zugezogen.
Pastor Bonhoeffer befand sich am Sonntag, den 8.4.1945 bis gegen 13 Uhr in Schönberg. Er wurde von dort zusammen mit General v. Rabenau (von dessen weiterem Schicksal nichts mehr bekannt wurde) um diese Zeit abtransportiert; frühestens in den späten Nachmittagsstunden des gleichen Tages kam er in Flossenbürg an; die Entfernung zwischen beiden Orten, die auf unterschiedlichen Strassen zurückzulegen ist, beträgt rund 160 km.
Zur Herbeiführung der Urteilsbestätigung wurde jedenfalls vom Angeklagten T. nichts unternommen; ob hierüber gesprochen wurde, ist ungewiss. Eine Urteilsbestätigung wurde nach Verkündung der Urteile vor deren Vollstreckung nicht eingeholt.
Am Morgen des 9.April 1945 wurde gegen 4 Uhr im KL Flossenbürg der von G. geleitete Transport von Häftlingen nach Dachau marschfertig gemacht. Die Ehefrau des Angeklagten Huppenkothen blieb diesem Transport weiter angeschlossen; ihr Wagen wurde, um Treibstoff zu sparen, vom Gefangenentransportwagen in Schlepp genommen; der Angeklagte Huppenkothen verabschiedete sich hiebei von seiner Ehefrau.
Etwa zwischen 6 und 7 Uhr fand sodann - wie bereits erwähnt - an der oben geschilderten Hinrichtungsstätte im Hofe des Kommandanturarrestes im Beisein des Standortarztes SS-Obersturmbannführer Dr. Fischer 1 die Hinrichtung von Canaris, Oster, Dr. Sack, Gehre und Pastor Bonhoeffer statt. Während der sämtlichen Hinrichtungen, die nacheinander stattfanden und eine halbe bis eine Stunde beanspruchten, war der Angeklagte Huppenkothen zugegen. Die fünf Männer mussten völlig nackt eine Art Stiege besteigen; es wurde ihnen ein Strick um den Hals gelegt und sodann die Stiege weggezogen. Der Tod trat unmittelbar darauf ein.
Wann der Angeklagte T. Flossenbürg verlassen hat, ist nicht geklärt. Der Angeklagte Huppenkothen fuhr nach der Hinrichtung, wahrscheinlich noch am gleichen Tage, in Richtung Hof mit dem weiteren Ziel Berlin ab. Über die Ereignisse in Flossenbürg erstattete er im RSHA Meldung.